שר הביטחון והרמטכ"ל לשעבר, משה (בוגי) יעלון, שנחקר אף הוא בפרשה, אמר כי, "מהרגע הראשון אמרתי כי מדובר בפרשת השחיתות הגדולה והחמורה ביותר בתולדות המדינה, וכי אין שום סיכוי שהחקירה תסתיים בלי כתבי אישום, וצדקתי. יחד עם זאת, אני חוזר ומדגיש כי העובדה שנתניהו לא נחקר באזהרה בפרשה, העובדה שמהלכי חקירה מתבקשים כגון הימנעות מחיפוש במשרדם של עורכי דינו שלפחות כנגד אחד מהם המשטרה גיבשה תשתית ראייתית להגשת כתב אישום, מעוררים שאלות קשות באשר להתנהלות החקירה שלמרבה הפלא, על אף שנתניהו לא הוגדר כחשוד על ידי הפרקליטות והמשטרה - נוהלה בפיקוח צמוד של היועמ״ש לממשלה באופן השמור בדרך כלל לחקירות בהן ראש הממשלה מעורב. זו רק אחת מן השאלות הרבות שיש לי ליועמ״ש לממשלה, על התנהלות החקירה".

 

לפי יעלון, "למרות שמדובר בעסקת רכש ביטחונית, אין ולו חשוד אחד מאנשי משרד הביטחון. כל מעגלי השחיתות משיקים לנתניהו ולשכתו, לאנשיו שהעדיפו בצע כסף על פני ביטחון המדינה. עדיין לא מאוחר מדי לחקור את נתניהו באזהרה בפרשה, אם כל כך הרבה ממקורביו, הסמוכים לאזניו, הצמודים לשולחנו. נאמני נאמניו, נחקרו כחשודים וכעת המשטרה ממליצה להגיש נגדם כתבי אישום חמורים, איך יתכן שהוא לא ידע? אם לא ידע שהשחיתות החמורה הזו מתנהלת מתחת לאפו שילך הביתה! אם ידע, שיעיד, שייחקר, שיוכיח חפותו או  שייתן את הדין. אני עדיין סומך על הפרקליטות שתתבונן בממצאים, ושתבחן שוב את ההליכים ואת מידת מעורבותו האישית, לכאורה, של נתניהו בשחיתות ההרסנית הזו".

 

מן הצד השני, לפיד, יו״ר מפלגת יש עתיד, הגיב להתפתחויות: "המלצת המשטרה להעמיד לדין בעוון שוחד בפרשת הצוללות את מפקד חיל הים, סגן ראש המל"ל, ראש הסגל של ראש הממשלה והעו"ד האישי והאדם הכי קרוב לראש הממשלה, לא מאפשרות לבנימין נתניהו להמשיך ולכהן עוד בתפקידו. במשמרת שלו, אנשי אמונו והקרובים לו ביותר חשודים כי סחרו בקודש הקודשים של מדינת ישראל. 

• תא"ל (מיל') אבריאל בר יוסף – נתגבשה תשתית ראייתית לביצוע עבירות שוחד, מרמה והפרת אמונים וקשירת קשר לביצוע פשע.

• תא"ל (מיל') שי (שייקה) ברוש – נתגבשה תשתית ראייתית לביצוע עבירות שוחד, מרמה והפרת אמונים בצוותא, קשירת קשר לביצוע פשע, הוצאת  חשבונית שלא כדין ועבירות הלבנת הון.

• אלוף (מיל') אליעזר (צ'ייני) מרום – נתגבשה תשתית ראייתית לביצוע עבירות שוחד, מרמה והפרת אמונים, קשירת קשר לביצוע פשע, הלבנת הון ועבירות מע"מ (הוצאת חשבונית שלא כדין).

• עו"ד דוד שמרון – נתגבשה תשתית ראייתית לביצוע עבירות של תיווך בשוחד ("שוחד הנעה") בכל הנוגע למערכת יחסיו עם גנור, ועבירות של קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות והלבנת הון בהקשר למעורבותו בפרשת "קרדיט סוויס".

השר (לשעבר) ויו"ר קרן היסוד אליעזר (מודי) זנדברג – נתגבשה תשתית ראייתית לביצוע עבירות שוחד, מרמה והפרת אמונים והוצאת חשבונית שלא כדין.

• דוד שרן –  נתגבשה תשתית ראייתית לביצוע עבירות שוחד, מרמה והפרת אמונים, קשירת קשר לביצוע פשע, הלבנת הון ועבירות על פי חוק מימון מפלגות ובחירות.

• עו"ד יצחק מולכו – לא נתגבשה תשתית ראייתית מספקת לביצוע עבירות.  

במסגרת החקירה נתגבשה תשתית ראייתית לכאורית מספקת לביסוס חשדות גם כנגד מעורבים נוספים בפרשה, לרבות אנשי עסקים פרטיים שאינם נושאים במשרות ציבוריות.

במהלך ניהול החקירה ואיסוף הראיות נתגלו ליקויים בכל הנוגע לסדרי מינהל בקרב גופים שונים, אל מול גורמים עסקיים ופרטיים, וזאת בכל הנוגע לרכש ביטחוני ואסטרטגי למדינת ישראל. ליקויים אלו מחייבים הפקת תובנות ולקחים על-ידי הגורמים המוסמכים לכך, על מנת לשפר ולייעל את הליכי הרכש הביטחוני במדינת ישראל ולהגן עליהם מפני אינטרסים זרים והשפעות פסולות במבט צופה פני עתיד. בכוונת המשטרה לפנות לגורמים הרלוונטיים ולהביא בפניהם מסקנות אלה.